「自淨其意」出自七佛通戒偈：「諸惡莫作，眾善奉行；自淨其意，是諸佛教。」這是過去七佛對佛弟子的共通教誡，也可以說是佛法修行的總綱，意思是說：透過持守戒律，廣修善法，淨化心念，而使身口意三業清淨。
其中「自淨其意」是佛法修行的核心，然而要達到心念的清淨並不是一蹴可幾，所以佛陀為我們開演了次第法門，首先便是「諸惡莫作」嚴守戒律，從身口二業來規範自己，比如持守「五戒」：不殺生、不偷盜、不邪淫、不妄語、不飲酒。身業清淨，心當中惡念慢慢減少，善念就比較容易增長，如此便能廣行利益眾生之事，如不傷生害命，長養慈悲；而不妄取財物，就能廉潔好施。所以能夠做到「諸惡莫作」，自然就能「眾善奉行」，這便是我們修行提升的一個方向。
然而在「諸惡莫作，諸善奉行」的實踐中，心中難免有種種邪惡心念需要調伏，此時就必須在「自我觀照」及「反省檢討」處下工夫，去除貪心、瞋心、痴心、慢心等煩惱，這也正是「自淨其意」最重要的內涵。此時，一方面要多聽聞佛法，增長智慧，一方面也要藉由加行的工夫，如念佛、持咒、禪修，以加強定力，幫助自己調伏自心。所以「諸惡莫作，眾善奉行，自淨其意」雖是各別的，其實也是相通的，身口二業清淨了，意業也就跟著清淨，而意業的清淨，也需落實在身口二業上。
其實所有佛法中的百千法門，無非不為「自淨其意」而施設，修行不是向外求，而是從「諸惡莫作」的自律中，使行為舉止端正、清白，在「眾善奉行」的實踐中使心意柔軟良善，在「自淨其意」的反省內觀下，歇下妄心，不斷地淨化、昇華，找回人人本具清明的自性。
